您好！从事进料加工的生产企业，必须在《进料加工登记手册》最后一笔出口业务发生之后，《进料加工登记手册》被海关收缴之前，持手册原件及复印件，先到主管税务分局办理相关的核对手续。然后，持《进料加工登记手册》的原件向海关办理核销，在取得经海关确认的《进料加工合同核销申请表》后，通过“出口退税申报系统”做手册核销录入。然后，带齐以下资料（其中，进料加工登记手册复印件必须带回核销前经主管税务分局审核确认的那一份），于取得主管海关核销证明后的下一个免抵退税申报期内向主管税务分局办理手册核销。根据您的描述，手册已经核销，应该已经到国税办理过核对了，影响不大。如有其他疑问，欢迎继续在电子口岸政务咨询平台上提问，谢谢！
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