办理了来料加工手册,出货之后,客人同意提高工缴费,但是没有变更加工贸易批准证和手册,现在拿到出口货物报关单与核销单,去和外汇管理局核销,工缴费与外汇管理局系统里数据不一致,外管局不给核销。现在应该怎么处理?货物已经出口一部分了,还能更改批准证和来料加工手册么?