现有这样情况发生,税务局发函告知我公司财务,有份发票被工厂单方面作废。不过该份发票的发票联和抵扣联均在我公司,有同事说一份发票作废需要三联一起才能作废,否则属于违规操作,结果不予承认。但是税务局发函给我公司确是事实,请问老师,这种情况是怎么回事?