您好！您所说的不等，是否是指总价不等？企业出口退税系统中所选商品编码的计量单位默认的是第一法定计量单位，由于企业增值税发票开具的商品单位和海关报关单第一计量单位可能存在不同现象，此时以第一计量单位数量为准录入。在确定发票开具的商品单位和海关的第二或第三单位一致，并且数量相同的前提下，录入时应按照海关的第一计量单位数量录入。企业可根据各分局要求提供相应的计量单位换算表，在表上把增票上的数量单位和关单上的数量单位列明。退税时要求出口发票上的计量单位与报关单上的一致。根据您的描述，报关单上体现的应该分别是第一、第二计量单位及对应数量的，企业增值税发票是否以第一法定计量单位开具的？如是是以第一法定计量单位开具的，或不是以第一法定计量单位开具的，但与报关单上的计量单位有一个是对应的，那么企业可以在发票上注明第一法定计量单位并与主管税务局说明情况，一般不会影响企业退税，但建议企业以第一法定计量单位开具。如有其他疑问，欢迎继续在电子口岸政务咨询平台上提问，谢谢！
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