我公司一笔进料加工业务,先前预付30%的货款给对方,同时在贸易信贷系统内做了预付合同登记。后来实际进料加工数量增加,总金额数有所增加,我根据变更后的金额修改了预付合同登记,这么做是否正确?其次,由于公司新进业务员的疏忽,原本理应由对方承担的手续费变成我方公司承担,银行将手续费部分的钱加到了货款总金额中,这样一来造成金额又一次变更。想请问这笔进料加工我公司该如何进行核销?总金额屡次变更对贸易信贷系统内的预付合同注销有影响吗?