您好！出口发票上的合同号建议按照报关单上的填写。一般情况下，国税局受理出口退税是不会很关注合同号的，企业只要保证报关单数量、金额、规格和发票一致，就不影响企业出口退税。但是由于出口退税属于属地管理，为了保证您能顺利办理退税，建议您和当地国税局进一步确认，如果当地国税局不受理，您只能申请修改报关单，或者重开发票了。如有其它疑问，欢迎继续在电子口岸政务咨询平台上提问，谢谢！
http://www.cpa.js.cn/show/34260.html
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