您好！外贸企业出口货物，凡未在规定期限内申报退（免）税或虽已申报退（免）税但未在规定期限内向税务机关补齐有关凭证，以及未在规定期限内申报开具《代理出口货物证明》的，自规定期限截止之日的次日起30天内，由外贸企业根据应征税货物相应的未办理过退税或抵扣的进项增值税专用发票情况，填具进项发票明细表（包括进项增值税专用发票代码、号码、开具日期、金额、税额等），向主管退税的税务机关申请开具《外贸企业出口视同内销征税货物进项税额抵扣证明》，根据您的描述，如果市局是规定4月15日申报期限的，企业只要在16日起30天内办理即可。6月份已经过了有效期了。如有其它疑问，欢迎继续在电子口岸政务咨询平台上提问，谢谢！
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