您好！手册核销应在“单证证明录入”—“进料加工业务”—“进料加工手册核销录入”中录入并生成单证申报数据，根据您的描述，一本手册出口额为0，另一本出口额变成两本合计数，如果企业确认操作无误的话，应该是数据传输的问题，需要您联系当地国税局修改数据。如有其它疑问，欢迎继续在电子口岸政务咨询平台上提问，谢谢！
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