您好！企业改单后，海关会通关电子口岸自动向国税发送改单数据，企业只要等变更报关单，电子口岸重新发送改单数据，企业可以持情况说明和当地主管税务机关说明情况即可，内销发票金额如果不改的话就不处理了。另外企业海关允许的加工贸易中的委托加工，经营单位委托生产单位加工，不能按照作价销售给生产单位，但是国税上是允许按照您所描述的操作的，所以在实际操作中不建议企业将免税料件作价开票给加工企业操作。如有其它疑问，欢迎继续在电子口岸政务咨询平台上提问，谢谢！
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