您好！一份合同分两次付，建议企业直接合并成一次办理合同登记和提款登记，否则第一次预收款提款登记还未注销，占用额度的，企业即使登记了第二次提款登记，也不能产生额度；一个合同分两次出货，到时候需两份核销单和报关单，也需要分作两个小合同。小合同的合同号不一定相同，企业注销的时候选择企业登记的合同号注销即可；货物分两次出口后，提款登记的注销时分两次注销；注销的时候按照实际情况注销，按照小合同的总金额，注销金额按照在预收款额度下结汇的金额注销。如有其它疑问，欢迎继续在电子口岸政务咨询平台上提问，谢谢！
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